全外显子组测序
技术简介：
- 全基因外显子组是基因组全部外显子区域的总和，对于人类来说，外显子组约占基因组的1％。外显子组测序 (Whole Exome Sequencing，WES）结合外显子组富集技术和二代测序技术，可以高效快速的获得待测样品基因组所有已知基因的外显子及其邻近区域的序列及变异。相比于全基因组测序，外显子组测序更加经济、高效，数据解读也更加简单。
- 该方法是利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。本公司利用Agilent All exon kit V6(捕获区域57M)外显子靶向捕获系统实现全基因组外显子区域DNA捕捉富集。捕获之后洗涤获得的目标区域片段进行文库构建，并进行扩增后利用Illumina Hiseq 高通量二代测序系统进行PE150的测序，对所获得测序数据进行生物信息学的读取、质控及进一步的遗传学分析。
应用领域：
- 本方法适用于很多的遗传研究领域，例如疾病基因组研究、肿瘤基因组研究、临床分子诊断研究等，尤其适合单基因疾病/复杂疾病致病基因的确定、肿瘤基因组体细胞突变研究等。
技术参数与实验流程
技术参数
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样本要求 |
捕获平台 |
测序平台 |
测序数据质量 |
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样品类型：基因组DNA，溶解在H2O或TE (pH 8.0)中。 样品纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间，无明显降解与蛋白污染。 样品浓度：最低浓度不低于50ng/µL. 样品总量：每个样品总量>5µg。 |
Agilent All exon kit V6(捕获区域57M) |
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单个样本5.7G数据量；Q30>80%；总测序深度100x（可依据疾病类型调整） |
试验流程
数据分析内容
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基本分析内容 |
高级分析内容 |
单基因病分析内容 |
复杂疾病分析内容 |
肿瘤分析内容 |
天一特色分析内容 |
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原始数据整理、质量评估 序列过滤、统计富集效率 参考基因组比对与注释统计 SNV/InDel/CNV/SV检测，注释，统计 |
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突变位点过滤（数据库过滤，匹配正常样本过滤） 依据家系信息进行遗传模式分析 候选致病基因功能注释 候选致病基因通路富集分析 基于家系连锁分析 纯合区域策略分析 |
突变位点过滤（数据库过滤，匹配正常样本过滤） 依据家系信息进行遗传模式分析 常见变异的关联分析 罕见变异的基因负荷检验 候选致病基因功能注释 候选致病基因通路富集分析 |
Somatic SNV/InDel/CNV/SV检测，注释，统计 不同阶段样本突变谱差异统计 高频突变基因统计 肿瘤异质性/克隆进化分析 |
多种技术SNP分型，分析与二代测序结果的一致性 |
